התאחדות התעשיינים עתרה לאחרונה לבג"צ כנגד הניסיון של רשות המים לשלוח יד לכיסי המפעלים, ולגבות אגרת ביוב עבור מים שאינם מגיעים למערכת הביוב. ראשי ההתאחדות טוענים כי הכללים החדשים שקבעה רשות המים לחיוב מפעלי תעשיה בתשלום עבור שירותי ביוב נטולי היגיון; עפ"י הכללים החדשים  - כל המפעלים ישלמו גם על מים שכלל לא הזרימו לביוב: מפעלי מזון ישלמו אגרת ביוב על מים למילוי בקבוקי משקה ומפעלי מזון אחרים ישלמו אגרה זו עבור מים המשמשים בהליך ייצור המזון. גם מפעלים בענפים אחרים, כגון מפעלי בטון, ישלמו אגרה זו , על אף שהם משתמשים במים לצרכים התעשייתיים, כחלק מהכנת המוצר הסופי.
בכללים החדשים, אותם פרסמה רשות המים בסוף שנת 2009, קבעה הרשות תעריף עבור שפכים, המשולם לתאגידי המים והביוב, הפועלים ברשויות המקומיות השונות. הכללים החדשים קובעים, כי במקום שכל מפעל תעשיה ישלם עבור שירותי הביוב בדיוק לפי כמות השפכים אותם הזרים לביוב (כפי שהיה נהוג עד היום במרבית הרשויות המקומיות), החיוב יהיה לפי נוסחה שרירותית שבפועל תביא לכך שבכל המקרים המפעל ישלם גם על מים שכלל לא הזרים לביוב, כלומר – ישלם בגין שירות שלא צרך.